O LAI é organizado em cinco núcleos principais, sendo eles: pesquisa, eventos, revista, educação e comunicação. Cada um deles promove atividades de produção e divulgação de conhecimento de Relações Internacionais utilizando de ferramentas específicas de cada área.
Gestão de Pessoas, ainda que parte da coordenação da instituição, é considerado um núcleo extra responsável por criar e manter um ambiente acolhedor, transparente e inclusivo — garantindo a boa prática da produção e divulgação de conhecimento liderada pelos demais.